Entrar a un computador con scientific linux 5

ssh quinonez@lxplus5.cern.ch

Levantar la GRID

Ir a myscripts y hacer el script flojongo.sh y colocar en el lo siguiente:
source /afs/cern.ch/project/gd/LCG-share/current/etc/profile.d/grid-env.sh
voms-proxy-init --voms atlas
source /afs/cern.ch/atlas/offline/external/GRID/ddm/DQ2Clients/setup.sh
source /afs/cern.ch/sw/ganga/install/etc/setup-atlas.sh
Luego simplemente hacemos:
source flojongo.sh
Este comando nos va a pedir la contrase~a de GRID; si se la damos, el mensaje total sera algo asi:
[quinonez@lxplus306]~/myscripts% source flojongo.sh 
Cannot find file or dir: /afs/cern.ch/user/q/quinonez/.glite/vomses
Enter GRID pass phrase:
Your identity: /C=CL/O=REUNACA/O=REUNA/OU=PUC/CN=fernandoquinonez
Creating temporary proxy .......................................................................................................... Done
Contacting  voms.cern.ch:15001 [/DC=ch/DC=cern/OU=computers/CN=voms.cern.ch] "atlas" Done
Creating proxy ......................................................... Done
Your proxy is valid until Tue Mar 30 02:18:33 2010

 - Enabled current AFS CERN GRID SLC5 UI
 - Enabled Python 2.5
 - Configured local site
 - Enabled DQ2 Clients


-- IMPORTANT -- IMPORTANT -- IMPORTANT -- IMPORTANT -- IMPORTANT --

 If you have not done so already, execute:

   voms-proxy-init -voms atlas

-- IMPORTANT -- IMPORTANT -- IMPORTANT -- IMPORTANT -- IMPORTANT --



 If you have any questions, go to:

   https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/DQ2ClientsHowTo

 Ready


Setting up Ganga 5.5.2 (sh,atlas)
[quinonez@lxplus306]~/myscripts%
Concentrarse en la linea que dice:
Your identity: /C=CL/O=REUNACA/O=REUNA/OU=PUC/CN=fernandoquinonez
En este caso fernandoquinonez es mi GRID id, toda tarea que yo corra en la GRID tendra mi id. Lo mismo va para ustedes.

Crear TestArea

cd $HOME
mkdir scratch0/AtlasOffline-15.6.6

Levantar Athena en el release 15.6.6

Ir a myscripts y crear el archivo opt.15.6.6.sh y colocar adentro lo siguiente:

export ATHENA_VERSION=15.6.6
cd ~/cmthome
cp rg${ATHENA_VERSION} requirements
source /afs/cern.ch/sw/contrib/CMT/v1r20p20090520/mgr/setup.sh
cmt config
source ~/cmthome/setup.sh -tag=${ATHENA_VERSION},opt,setup
echo $CMTCONFIG
echo $CMTPATH
cmt show path
cd $HOME/myscripts

Luego ir a cmthome y hacer el archivo rg15.6.6 y colocar adentro lo siguiente:

set CMTSITE CERN
set SITEROOT /afs/cern.ch
macro ATLAS_DIST_AREA ${SITEROOT}/atlas/software/dist/
macro ATLAS_TEST_AREA ${HOME}/scratch0/
use AtlasLogin AtlasLogin-* $(ATLAS_DIST_AREA)

Para levantar athena solo volvemos a myscripts y ejecutamos:

source opt.15.6.6.sh

Descargar el paquete UserAnalysis

cd $TestArea
cmt show versions PhysicsAnalysis/AnalysisCommon/UserAnalysis
cmt co -r UserAnalysis-00-14-03  PhysicsAnalysis/AnalysisCommon/UserAnalysis

Ahora configuramos el paquete y compilamos

cd $TestaArea/PhysicsAnalysis/AnalysisCommon/UserAnalysis/cmt
cmt config 
source setup.sh
make

Ir al dircetorio run y copiar las joboptions

cd ../run
cp ../share/AnalysisSkeleton_topOptions.py .

Siempre es bueno correr localmente con pocos eventos antes de enviar a la GRID, luego de ver que todo anda corriendo bien, podemos enviar a la GRID con todos los eventos que queramos. En este caso, nos saltamos el paso de correr localmente y enviamos directamente los jobs a la GRID.

Creamos el archivo myganga.py o como quieran llamarlo y colocamos adentro:

# Esto es un comentario en python
j = Job()

j.application = Athena()
j.application.option_file = 'AnalysisSkeleton_topOptions.py'
j.application.athena_compile = False
j.application.prepare()

j.inputdata = DQ2Dataset()
j.inputdata.dataset = "data09_2TeV.00142308.physics_BPTX.merge.AOD.r988_p62_tid105376_00"

j.outputdata=DQ2OutputDataset()
j.outputdata.outputdata=['AnalysisSkeleton.aan.root']

j.backend=LCG()
j.backend.requirements=AtlasLCGRequirements()
#j.backend.requirements.cloud = 'FR'

j.splitter = DQ2JobSplitter()
j.splitter.numsubjobs = 1


config.Logging['Ganga.Lib.LCG'] = 'DEBUG'
config.LCG.MatchBeforeSubmit = True

j.submit()
Para enviar solamente hacemos:
ganga -i myganga.py
Para ver el estatus del job, hacer
jobs
Para ver los subjobs hacer:
jobs(2).subjobs

--+ Recuperar mis datasets de la GRID: Para hacer esto, primero abrimos un terminal nuevo y levantamos la grid con dq2 y con ganga mediante flojongo.sh.... Luego nos buscamos a nos mismos en la GRID

dq2-ls "user10.fernandoquinonez.*"
Luego recuperamos con dq2-get

-- BorisP - 19-Jul-2010

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Topic revision: r1 - 2010-07-19 - BorisP
 
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