CERN分室計算機について

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システムの目的と利用申請

目的

  • CERN現地での解析などのための計算機資源

利用申請

  • 特に素敵なシステム/書式はありません。管理者に口頭もしくはメールで申請して下さい。
  • 学生の場合は、以下のいずれかの方法をとってください。
    • 利用者のスーパーバイザー(先生/上司/後見人等)が申請する
    • 利用者のスーパーバイザーが事前に管理者に話を通した上で、利用者本人が必要事項を管理者に知らせる

申請条件

  • アトラス日本の一員であること(例外あり)
  • CERNに(半)常駐していること、もしくは上記の目的のために使う事
  • CERNの計算機アカウント(AFS)を取得している事
  • CERNのメールアカウント <username>@mail.cern.ch に届くメールを読むこと

申請の際に必要な情報

  • 利用者の氏名
  • 利用者の所属と身分(大学院生であれば学年等)
  • スーパーバイザーの氏名
  • 利用目的
  • CERN計算機アカウント名(LXPLUS/AFS) (LXPLUSと同じアカウント名しか利用できません)
  • ホームディレクトリをlxplusと共有するかどうか.

申請先

  • 管理者: 澤田、田中(純) (SPAM防止のためメールアドレスは書きません。スーパーバイザーが知っているものと想定します)

システムの利用方法

概要

  • 基本的にCERN標準仕様です(LXPLUSとほぼ同じですが若干の違いはあります)
  • CERNが管理するAFS パスワードでログインします
  • ログイン用マシンは lxatutXX です。(XX=01,02,...)
  • 主に解析のためのシステムです。メール、Web、その他のサービスはCERNのものを利用して下さい。

注意

  • 卒業等でATUTのユーザーと認められなくなって半年後、データ等は連絡なしにこちらで削除致します(home, data, maxi, eos, scratch等すべて)。

利用できる計算機の役割

  • ログインノード: lxatutXX
    • XX=01-35 (故障中のマシンもあるのでログインできなければ諦めてください)
    • CERN所内のネットワークからしかログインできません。
      • 日本から接続する場合は、一度lxplus.cern.chにログインしてから。
    • SLC6とCentOS7が混在していますので、ご注意を。
  • バッチノード: lxatutbs3(CentOS7), lxatutbs1(SLC6)
    • バッチシステムの親分ノードです。
    • コード開発をしないでください。
    • 使い方は AtlasJapanCondorHowTo を参照。
  • プリンター
    • b188の1Fと5Fに設置してあります。

ファイルやデータ保存場所

  • Home directory
    • 最大5GBまで利用可能
    • ホームにはスクリプト、解析用ソースコードなど、比較的小さなファイルを置いて下さい。
    • 毎日バックアップを取る都合上、領域は小さめにしてあります。
    • バックアップファイルにアクセスしたい方はに連絡ください。
    • ホームを一杯にすると、他のユーザーに迷惑がかかるのでホームにファイルを作る時はよくよく考えて下さい。
    • 解析等のジョブでホームにファイルを作ることは避けて下さい。(例えばログファイルをホームに書かない。)
    • 他のユーザーの作業に支障が出るほどホーム(サーバー)に負荷がかかるジョブは連絡なしに直ちにkill致します。
    • lxplusと同じホームディレクトリを使うこともできます。こちらの方が使い勝手が良い場合もあります。管理者に問い合わせてください。
  • /data/dataN/zp/$USER
    • 原則500GBまで利用可能(各dataNについて)
    • データファイル等を置くための領域です。
    • バックアップは一切ありません。
    • RAID1, RAID10 or RAID1+RAID5で構成しています。
    • /data/dataN/zp/$USER(N=1,2,3,...)を作れる場所は自由に利用して構いません。
      • 例: mkdir /data/data2/zp/$USER
  • /data/maxiN/atljphys/$USER
    • 博士課程の大学院生や各検出器のためのデータ領域です。
    • 必要な方は管理者に相談してください。
    • バックアップは一切ありません。
    • RAID5 or RAID6で構成しています。
  • /local/scratch/
    • バッチノードには必ず存在する一時的作業領域です。
    • バックアップは一切ありません。
    • 50日で自動的に削除します。
    • この中に置くdirectoryやfileにルールはありませんが、毎回$USERを作って作業することをお推めします。
    • 個々のDisk serverのI/Oを考えるとこの領域を利用した方が圧到的に速い場合があります。
      • 自分のスクリプトを工夫してください。また、ジョブが終わるときは削除するようにしてください。
        • 例: mkdir -p /local/scratch/$USER/UniqueID; cd /local/scratch/$USER/UniqueID; 作業; cd; rm -rf /local/scratch/$USER/UniqueID
    • ここを利用せずにシステム全体をheavy loadにする場合はジョブを削除する可能性があります。
  • EOS: /eos/atlas/unpledged/group-tokyo/users/
    • 使い方はCERNのEOSと同じです。
    • 保存する場所の確保方法
      • /home/atljphys/eos/bin/eos-showInfo.sh を実行して、その内容に従ってください。
      • 原則25TBですが、必要があれば増やします。管理者に連絡ください。
    • Fuseマウントされているので、(lxplusと同様に)ターミナルから直接/eos/にアクセすることもできます。

データセットの配置(SUSY)

SUSYのデータセットはまとめて/eos/atlas/unpledged/group-tokyo/datafiles/SUSY/におくことにしています。

  • /eos/atlas/unpledged/group-tokyo/users/下の自分のディレクトリにデータセットをダウンロードする。
    • もし自分のディレクトリがなければlxatutで /home/atljphys/eos/bin/eos-mkMYTokyoDir.sh を実行する。
  • 以下のコマンドでACLをセットする。-rがついているので、サブディレクトリも再帰的に設定される。
    • eos attr -r set user.acl="egroup:atlas-eos-access-group-tokyo-admins:rwxmc,egroup:atlas-eos-access-group-tokyo:rx" directory_name
  • atut-susy-dataprep@cernNOSPAMPLEASE.ch 宛のメールでEOSのSUSYディレクトリへの配置を依頼する。

2020年の移行インストラクション

2020年に行われるEOSやAFSへの移行の インストラクションです。

-- JunichiTanaka - 2020-03-31

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Topic revision: r7 - 2020-09-25 - RyuSawada
 
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